杨嗣昌和王在晋不同，后者在辽东作战方略的主张上受挫被赶去南京之后，性格就变得谨小慎微了起来，因此当他被崇祯召回北京时，表现了对皇帝的惟命是从，这也就为其他大臣们所诟病了。
而前者入仕虽然也有近20年，但是因为其父的缘故一直没能获得重用，毕竟朝野上下并不希望出现父子各主一方遥相呼应的局面。
所以杨嗣昌颇有些郁郁不得志的心态，也是崇祯一力主张将其调到了杨鹤身边，让他帮助其父治理陕西，方才算是让他实现了一些政治上的抱负。
不过对于杨嗣昌来说，陕西任官的生涯并没有让他心满意足，反而更促使他想要真正获得一个主政一方的机会，好让他毫无阻碍的实施自己的政治理想。
因此在接任了王永光兵部左侍郎的职位之后，他便不满于现在兵部被总参谋部架空的状况了。虽说总参谋部设立时，立意是战时成为皇帝指挥军队的助手，平日里则维持军队日常训练及对军官团进行管理。
五军都督府和兵部理论上都是总参谋部的上级单位，但是在现实中的操作之后，总参谋部反而隔离了五军都督府、兵部和军队之间的联系。
对于五军都督府来说，他们倒是没什么意见，毕竟早在百余年前，兵部已经夺走了五军都督府的大部分权力。但是对于兵部官员来说，总参谋部权力的膨胀，无疑是损害到了他们的利益的。不管是武臣的升迁还是军备的制作，原本都是兵部官员的钱袋子。
只不过兵部官员的抗议显然抵不过后金军队的入侵，崇祯二年后金绕道入侵时，兵部官员的无能和武库的腐败，使得皇帝亲征击退后金大军之后，回到京城便对兵部进行了一场大清洗，使得敢于和皇帝抗命的兵部官员，或是革职或是流放，事后兵部官员分批进入了官校进行重新教育，从而让皇帝彻底掌握了兵部。
但是对于杨嗣昌这样的新晋人员来说，总参谋部架空兵部的局势显然是不能容忍的，因此在其上任之后便开始收集双方职权冲突的资料，并于今日跑来晋见皇帝，试图重新梳理五军都督府、兵部和总参谋部三者之间的职权范围，以束缚住越来越庞大的总参谋部。
对于杨嗣昌整理出来的资料，朱由检倒是很有耐心的看完了，但是对于他提出的明晰三者之间的职权，以约束总参谋部的权力扩张，朱由检倒是没有做出肯定的回答。
以总参谋部为核心，确切的说，应该是以陆海军联席参谋会议为核心掌控大明的陆海军建设，在参谋会议之上成立一个由文职官员组成的国防部来领导，才是朱由检心目中最为合适的军队上层架构。
军官组成的参谋会议负责如何打仗，而文职官员组成的国防部则控制着预算和作出战略上的决定。如此一来，军队不必担心由一群外行来领导自己，而官僚集团也不必担心武人的权力不受控制，形成一个强大的军事集团。
只不过对于现在的大明来说，这样的机构重建还不是时候。毕竟五军都督府现在是勋戚们少有的可以出任官职的地方，虽然崇祯已经极大的缩减了勋戚在五军都督府的任职，但十年时间还不足以形成一个新的任官机制。
至于兵部的官员们在整肃之后虽然变得老实了许多，但是总参谋部成立的时间还是太短，参谋军官们毕竟还是过于年轻，难以和官僚集团在官场规则下进行博弈。
是以崇祯宁可保持着现在的暧昧状态，以便自己随时可以插手双方的权力争斗，在他的偏袒之下，官僚集团显然是无法压制总参谋部的。
杨嗣昌的主张固然很有想法，但是在崇祯看来，手上的这份计划书还是超前了十年，也许十年之后来考虑这个问题，才是最为合适的。
看完了手上的计划书，崇祯深思了十来分钟，方才对着杨嗣昌说道：“杨卿的想法还是很有见地的，朕觉得这个方向是正确的…”
皇帝的话语顿时让杨嗣昌的精神大为振奋，就在他聚精会神的继续听下去时，崇祯却突然转折道：“…但是，朕并不觉得目前是调整三个衙门职权的好时机。
杨卿想必应该知道，我们的军事改革计划尚没有完全落实，我国真正可以称得上是军队的武装力量现在还不到30万。剩下的160余万武装力量，只能称之为准军事力量，让他们维持一下地方治安尚可，将他们调往前线和敌军作战，无疑就是让他们去送死。
因此在目前的局势下，对于军队的重新整编和装备更替才是朝廷优先关注的大事。想要达成这一目标，我们就必须容忍总参谋部的部分逾权之举，否则我们就是在阻碍军队改革计划的实施。
像大明这样拥有辽阔疆域的国家，30万陆军是无法护佑住整个国家的安危的。如果一个国家连国民的基本安全都保障不了，谈论军队的权力过不过大，朕觉得毫无意义…”
杨嗣昌显然没能预料到皇帝的转折会来的如此之快，一时都有些反应不过来了。不过他毕竟在陕西接触了一些地方民情，知道崇祯说的军队弊症并不是信口开河。
他希望能够明晰三个衙门之间的权责，本意也是想要压住武人势力的过于膨胀。毕竟他在陕西时，可是见过那些将门子弟将边军将士当成了自家的奴仆驱使，这还是在总参谋部对西北边军进行军纪整顿之后。
就是这样的边军，不少官员居然还在他面前称赞，现在边军的风气好了许多。之前延绥镇的贺人龙的部下，据说除了贺人龙之外谁也指挥不动，俨然是一副国中之国的姿态。
杨嗣昌这才想用限制权力，明晰职责的方式，来控制住总参谋部的膨胀。但是崇祯的想法和他并不相同，在皇帝的眼里，总参谋部是代表着朝廷去控制军队的机构，而不是各地军队在朝堂上的代表。
杨嗣昌还在思考着皇帝话语中的含义时，朱由检却已经转移了话题说道：“杨卿你来的也正是时候，其实就算你今日不来，朕也打算召你来商议一件事。”
被打断了思路的杨嗣昌赶紧向着皇帝拱手说道：“还请陛下吩咐。”
朱由检看着他认真的说道：“杨卿身为兵部左侍郎，不知道关于卫拉特部的情报，你了解有几多啊？”
杨嗣昌略一思索便回道：“回陛下，兵部受到的关于卫拉特部的消息是，和硕特部的鄂齐尔图受我大明册封为车臣汗和卫拉特之汗的封号之后，于今年8月召集了卫拉特诸部首领在乌鲁木齐召开盟会。据说盟会召开的还算成功，卫拉特诸部首领认可了鄂齐尔图车臣汗为卫拉特之汗。这是臣所知道的全部消息。”
朱由检听罢，便对着一边的吕琦做了一个手势，吕琦便走到一边的文件柜中找出了一份文件交到了皇帝面前。
朱由检将这份文件推到了杨嗣昌面前说道：“这是有关卫拉特盟会的详细资料，你可以看一看。
总的来说，这场盟会虽然还算成功，但也是建立在妥协基础上的。诸部首领虽然支持鄂齐尔图车臣汗为卫拉特之汗，但是并未认可卫拉特之汗对诸部台吉有惩罚之权力。
在我们的建议下，卫拉特诸部台吉决定设立卫拉特长期忽里台，用于决断卫拉特诸部的内外事务。卫拉特四大部设有36名忽里台议员名额，其他诸部则拥有16名议员名额。
为了获取准噶尔部的支持，巴图尔珲台吉成为了副汗，并成为了明年攻打哈萨克人的大军统帅。卫拉特之汗下面除了副汗之外，还将设有四位大臣，一是军事大臣，二是财政大臣，三是内政大臣，四是司法大臣。
这四位大臣的人选由卫拉特之汗和副汗各自提出人选，然后交由忽里台进行表决。在忽里台大会经过了四次表决之后，军事大臣由书库尔岱青担任，司法大臣由赛音吉雅担任，但是财政大臣和内政大臣却无人愿意出任。
大约是卫拉特并无财政可言，但却又要负担忽里台大会和汗庭的支出，财政大臣就成了一个贴钱的职位，因此并没有首领愿意出任这一职位。
内政大臣也是一样，卫拉特此前并没有一个行政机构，卫拉特之汗也约束不到各个部族内部的事务，因此也没人愿意担任这个空头职位。
所以最后这两个职位都被推给了鄂齐尔图车臣汗亲自任命，这对于我们来说是一件好事。所以，南疆督军樊一蘅和鄂齐尔图车臣汗进行了磋商，决定由大明派遣官员担任鄂齐尔图车臣汗的政治顾问，帮他建立财政系统和行政机构。
朕打算派你和吕大器前往卫拉特和硕特部，作为鄂齐尔图车臣汗的政治顾问，分别担任内政大臣和财政大臣一职。另外朕还会调拨一批内地的官吏给你们，协助你们在北疆建立起行政和财税机构，并设立一所培养官吏的学校，吸纳卫拉特各部的贵族子弟，让他们接受大明的教育。
你们在卫拉特部的任职，关系到北疆卫拉特诸部能否和平的并入到大明的体系之中，所以朕希望你能够仔细的考虑清楚，是否愿意接受这个任命…”