黄立极的建议很快得到了崇祯的赞成，黄立极思索了极短的时间，便向皇帝建议，让温体仁去负责南京乡试舞弊案的调查。
对于黄立极提出的这个人选，朱由检也极为赞成，虽然这个人看起来没有什么出色之处，但是朝堂上每次出现争执的时候，温体仁都紧紧的跟在了自己的身后。对于这样的案子，其他人也许还会有所顾忌旁人的眼光，但是这位看起来似乎不会有违自己的任何意愿。
黄立极刚刚同崇祯确定了南京乡试舞弊案的处理方式，这才猛然生起了一些疑惑，他不由试探着向皇帝询问道：“陛下既然对此案已经胸有成竹，为什么一直迟迟不对内阁下达旨意呢？”
朱由检把玩了一会手中的空茶盏之后，才开口说道：“因为我也不确定，这么做究竟是不是最好的选择。像复社这样有自己政治理念的社团自然应当有所控制，但是加入复社的成员，却也并不都是野心勃勃之辈，他们中的一些人，的确是相信了复社的理念而加入的。
如果不是这次的南京乡试舞弊案子，朕其实还是想要再看一看，复社中的这些人，究竟是些什么样的人。但是因为这次的案子，朕不得不抢先打压复社，虽然因此保住了朝廷在科举和教育制度上的改革成果。但是这也打压了那些，想要帮助这个国家的年轻人的政治热情。
我一直都认为，光靠权力、谋略、制度这些东西，是无法改变一个渐趋没落的王朝的，没有人民自发的，想要改变这个国家的热情和努力。再完美的改革方案，也不过是某些腐朽官员用来打劫百姓的屠刀罢了。
想要变革一个国家，不只是高居于庙堂之上衮衮诸公的任务，而应当是这个国家各个阶层一起奋斗努力的目标。为了保住现有的改革成果，却打压了一部分想要变革这个国家的士子，这正是朕迟迟不能做出决定的原因。”
黄立极沉默了片刻，终于对着崇祯建议道：“陛下爱惜人才的心思，臣也是深感钦佩的。既然陛下有这样的想法，臣以为倒是不妨叮嘱下温体仁，让他处理此事时把握好分寸，也就是了。此次勾销了复社中举士子的名额，已经足够对复社的名声造成了打击，臣以为对于这些士子也不易过于追究了，是不是禁止这些士子三年内不得再次参与考试，以为最后的处分。”
朱由检看着黄立极甚为满意的说道：“先生不愧是朕之首辅，方方面面都能照顾的很周到，这事便按照先生的意思去办吧。不知接下来，先生还有什么事要和朕商议吗？”
此刻黄立极心里也有种说不出的郁闷感，明明事情都是按照崇祯的意思进行的，但是当他把这个结论带回去，恐怕其他人都会以为，他再一次绕过了内阁同僚，和皇帝私下达成了这个结论。
不过很快他便将这点郁闷抛之脑后，转而说起了第二件事情，“不知陛下对于辽西肃反敌奸的行动，是否有所关注呢？臣今日也想和陛下说说，这辽西肃反一事。”
对于黄立极在南京乡试一事上表现出来的态度，朱由检还是感到满意的。虽然在打压南方士绅官僚这件事上，他和黄立极等人的立场是一致的，但是并不代表他希望看到南方士绅官僚彻底被压制的局面。
没有努尔哈赤率领女真一族在东北的兴起，大明内部就不会出现想要变革政治的士大夫；同样，没有了南方士绅官僚在朝堂上的反对声音，这些北方士绅官僚们也就失去了，继续跟随他变革社会的动力。
在这个时代，除了朱由检自己能够看到改革的目标究竟是什么之外，其他官员对于改革的期待，不过是保证大明在他们手中不出问题而已。如果没有外部压力的逼迫，大明现在所进行的这场社会变革，在解决了短时间内大明存继的问题之后，也许就该熄火停车了。
掌握着这辆改革列车前进方向的朱由检，自然不愿，也不能停下来。平衡南北士人、改革派和守旧派之间的平衡，也就成了他眼下最为棘手的任务。
听到黄立极转换了话题之后，朱由检也摇头甩掉了脑子里的一些胡思乱想，他随即回道：“肃反这件事吗，朕还是清楚的。刑部的惠侍郎不是刚刚发回了一份奏章吗？朕已经看过了，先生可是有什么看法吗？”
黄立极顿时看着崇祯说道：“陛下，臣和内阁诸位同僚以为，此次辽西镇肃反一事，似乎做的有些过头了。惠侍郎发回的奏章中所夹带的处分名单中，要求判以死刑的人员达到了279人，流放至海外的军民则多至1379户。
臣等了解了下这份名单，发现其中三成七的人员都是出身于原辽东大户，剩下的才属于军户出身。陛下，这些大户虽然因为战乱逃离了家园，但是他们在辽东逃亡难民中还是拥有一定影响力的。原本针对军队的肃反，现在却将这么多大户人家涉及在内，岂不是让辽东百姓人心浮动，失去对朝廷的信任？
而且臣已经听说，现在辽西镇已经有数位军将外逃，外逃职位最高的甚至有身居游击之职的。陛下，辽西镇乃是神京北面抵挡后金国入侵的重要屏障，也是后金南下的第一道防线。连游击这样的军中高级武官也逃亡到后金那边去，我国关外对付后金防线的虚实，岂不是全为建奴所掌握了？
是以臣和诸位同僚商议之后，以为有必要对辽西镇现在进行的肃反之事进行约束，避免将肃反对象继续扩大化。此外，刑部侍郎惠世扬对于肃反一事处置失措，我们以为应当将其召回，另派一位老实稳重之人前去主持肃反一事。”
朱由检却笑了笑回道：“先生的情报还是不够准确啊，锦衣卫从辽西发来的报告说：至今为止，因为害怕肃反而逃亡于后金的将领，最高职位的乃是副将。
副将刘天禄、参将高光辉、姜新、游击方献可等19位中高阶将领，携带了家眷和贴身家丁约数百人，越过了辽河，逃入了义州、广宁等地。
据说，刘天禄抵达义州之后便被护送去了沈阳，黄台吉还亲自在城门处迎接了他。刘天禄见到黄台吉出迎，第一时间便滚下了马来，感激涕零的称黄台吉为，真命世之主也。
这些叛将逃到了后金之后，除了刘天禄被黄台吉提升了一级之外，其他将领皆保留了他们在我大明的旧官职。得到建奴的如此优待，他们肚子里有些什么货色，想必此刻也应当毫无保留的吐露了出来。
现在我们再叫停对于辽西镇军民的肃反，又有什么意义呢？该逃亡的已经逃亡了，该泄漏的情报也已经泄漏了。我们现在停下肃反，逃亡者也不会跑回来，泄漏的情报也不会消失，反倒是会让那些叛徒们认为，朝廷是软弱的，只要他们闹一闹，朝廷就不得不屈服了。
朕觉得，惠侍郎在辽西做的还是不错的，越是到了这个时候，朝廷便越需要强硬，只有打破了那些将领和大户们的一切幻想，他们才会老老实实的接受朝廷的安排。
更何况，逃亡的不过是一些中高阶的将领，还是一些依附于辽西将门的武官。至于辽西军镇中下阶层的军将们，和普通的辽东百姓，并没有出现逃亡和反对朝廷肃反的意思。就目前这个状况来看，这些将领的逃亡，不仅没有损害朝廷对于辽西军队的控制力，反倒是腾出了不少位置，好让我们安排倾向于朝廷的将领进入辽西军队，这真是何乐而不为呢？”
黄立极并没有被崇祯的乐观精神所感动，他依旧担忧的说道：“可是陛下，就算是要整顿军队，那也是需要时间慢慢整顿的。
现在这些将领的逃亡，还有这么多将领和大户的被处分。短时间内，关外诸军的战斗力必然会受到不小的打击。得到了我军叛将投靠的后金国，在弄清楚了我国在辽西的虚实之后，难道会不趁机发兵来攻打锦州、宁远地方吗？
如今祖大寿在京城，吴襄在济州岛，辽西将门依然四分五裂，陛下就算要整治辽西军镇，也应当循序渐进，不可过于激进，导致整个辽西军镇濒临溃散啊。”
朱由检却不赞同的回道：“原本朕也是这么想的，但是谁让眼下遇到了一个千载难逢的机会呢。朕以为不趁着现在对辽西军镇进行全面的肃反整顿，清理掉辽西军镇内部的腐化和无能之辈，那就是白白的浪费了这个机会。
去年黄台吉带着大军千里跃进，从蓟州入关，想要攻入我京畿地区，结果止步于遵化而不得不退去。这次出征不力，不仅仅在于打击了黄台吉在后金国的威信。重要的是，在今年辽东秋收之前，后金国已经没有多余的粮草出征了。
若是在以往，朕还要顾忌一下，整顿辽西军镇时，后金国会不会趁机打劫，勾结辽西军镇中的败类对抗朝廷。至于现在么，后金除了接纳这些逃人之外，并无多余的力气，再次组织一起数万大军的入侵战争。
既然如此，我们为什么不趁着这个时机，将辽西军镇一劳永逸的进行完整的整编改造呢？自努尔哈赤起兵以来，辽西军镇就从我大明的九边之一变成了九边之半。一个辽西军镇的投入，就差不多抵得上其他八个边镇。
每年七、八百万两军饷的投入，除了养肥一批贪官污吏之外，连一支敢于同后金军野战的军队都训练不出来。朝廷要是再这么惯着这些辽西军将，除了养出一个无人能制的藩镇来，还能得到什么好处？
趁着后金暂时无法动弹的时候，将辽西军镇从上到下整顿一番，即便是损失了一些战斗力，那也是值得的事情。至于你口中的那些辽东大户，他们一边和辽西将门勾结，迫使从后金逃回来的辽东汉人为他们耕种田地，替服劳役。一边还在同投降后金的姻亲好友联络，走私各种违禁物资给后金，并向后金提供各类情报，试图给自己铺设一条后路。
对于这些吃里扒外的叛徒，朕实在想不出有什么可以宽恕他们的理由？”