听完了孙承宗和黄立极两人的意见，朱由检思索了许久才缓慢的说道：“孙先生说的不错，这军队若是不再敬畏军纪，那么今后朝廷恐怕是没办法控制这些军人的。
一只军队如果把自己这个小团体的利益放在了整个国家利益之上，那么对于大明来说就是地方藩镇军阀化的开始，我们决不能纵容军中出现这样的风气。
当然，今年以来大明百姓听到的都是坏消息，难得军队在关外打了一次胜仗，现在又从四川传来了这个坏消息。眼看着就快要过年了，朕觉得没必要让天下百姓连这个年都过不好。
朕登基的这一年，虽然开头不怎么顺心，但是起码总要有个好的结尾吧。”
孙承宗有些担忧的看着崇祯，黄立极撇了一眼孙承宗的脸色后，方才向崇祯小心的发问道：“陛下的意思是，把赤水卫失利的战报隐藏起来，不对外公布么？”
朱由检摇了摇头说道：“那样不好，既然永宁的百姓开始逃亡了，川军进攻失败的消息很快就会传遍四川，而往来的商人一定会把这消息带回内地。
朝廷想要把这件事隐瞒下来，耗费太大，也未必有什么成效。而且，一旦让百姓发现朝廷在说谎，对于朝廷还有内阁的声誉就是一个很大的打击。
赤水卫失败的事情还是要公布，为了防止某些人错误的扩大了失败的损失情况，朝廷应当主动向天下公布这个消息。不过我们要把宣传重点主要放在，明军敢于主动向叛军出击，和在战事不利时，底层将士们的浴血奋战上。
当然这只是对外宣布的内容，但是对于军队内部，总参谋部要责令川军把这次失利存在的问题彻底检讨清楚，不得避重就轻，也不得相互推诿。
当川军把失利问题检讨明白之后，总参谋部要把这次失败形成教案和教训，第一要放在各所军校内进行教学，让军校的学员们牢牢记住这个教训。第二要向各地军队发文，让各部官兵明白错误后引以为戒，不要再重踏覆辙。
此外，让侯良柱同尤世威的职位互调，让他去管理西南陆军军官学校，让尤世威担任四川总兵官。另外抽调一批川军的将领去陆军军官学校进行学习，让第一期西南军校毕业的学员调入四川民军中。
给予西南都督府两只步兵旅的番号，一只从川军中挑选人员组建，一只从石柱土司兵中挑选人员组建。前一只部队的主官由尤世威兼任，后一只则任命马千乘之子马祥麟担任主官。另外让周三畏挑选人员下去，协助西南都督府完成三级武力体系和后勤系统的改组，一旦西南都督府的试点完成，就作为大明各地都督府建立的范本。”
黄立极有些不安的对着崇祯说道：“陛下，现在朝野对改变地方文武官制，设立各地的总督区和都督府尚存在疑虑之中。如此着急的对西南都督府进行改组，如果四川战局不利，会不会导致地方官制改革遭遇抵制？”
朱由检看了眼黄立极，便转头对着孙承宗发问道：“对西南都督府改组，和临时调换川军的将领，会不会导致军队军心混乱，从而在接下来的战斗中失利，导致四川局面失控，总参谋部有没有进行过评估？”
孙承宗想了想说道：“就算有一点小小的失利，也不会惊扰到四川的稳定局面，毕竟石柱兵还在后方压阵。而且半年来对川军和陕军的整理，已经淘汰了不少老弱军士，重新招募了一批青壮兵丁。
另外，水西山路崎岖，我们想要进攻固然是艰难，叛军想要集结出山同样也有困难。数年来的叛乱，导致水西周边已经荒芜一片，基本上我们和叛军都无法从当地获得任何补给。
因此我军进攻水西，就要从湖广、云南运粮。而对方想要出山，小股部队大约还能指望自己携带些干粮，加上山林中的野味作为补充。大股部队出击，必然是要从水西腹地筹集军粮的。
奢崇明和安邦彦两叛贼首领自立大梁国，又号称要带十万大军收复永宁。臣等以为，没有四个月的准备，他们是无法往赤水卫运输完供数万大军出征的物资的。
有四个月的时间作为缓冲，调任侯良柱等将领去军校学习，对底层军士的心理影响将会降到最低。而且西南军校的毕业学员原本就是从川军抽调去的，有他们协助尤世威接管永宁的明军，当不会遇到军队较大的抵触情绪。”
听完了孙承宗的说法，朱由检在心中又细细的考量了一番，最终下了决心说道：“那就这样定了，总参谋部以加急的形式向西南都督府下达这项命令，并让西南都督府做好战没者遗属的抚恤工作。
另外派出一部分培训好的军医，在永宁、重庆设立军医学院，救治战场上受伤的军士和在当地推行牛痘接种，预防天花。”
看到崇祯下了决心，事情已经变成了定案，黄立极也有些无可奈何，他不得不为朱燮元争取最后的权力，“那么朱燮元提出的作战方略，总参谋部是不是也发文给西南都督府，让其遵照执行？”
孙承宗还没有说话，朱由检已经拦在了他前面对着黄立极说道：“朱总督提出的作战方略很好，但是总督原本就有领导西南都督府的职权，朕觉得没必要再通过总参谋部去督促执行，除非西南都督府不愿意接受朱总督的命令，这个时候总参谋部才有介入的必要。
朕不希望内阁或是总参谋部干涉，朱总督或是西南都督府正常行使自己的职权，同样朕也不希望朱总督越过西南都督府去指挥下面的军事机构，这对双方都没有什么好处。
当然有一点，总参谋部和内阁还是可以通知他们的，朝廷希望他们之间建立一个快捷稳定的通讯渠道，不要各行其事，从而让叛军找到了破绽。
此外，西南都督府原本无权指挥云南军队，但是此次平乱战争既然调动了云南军队，那么凡是参战的云南军队就必须服从于西南都督府的领导。”
虽然没有得到预期的要求，但黄立极还是得到了符合底线以上的结果，再次明确了总督领导西南都督府的政治序列，也就勉强接受崇祯的决定离去了。
待黄立极离去之后，朱由检叫住了孙承宗说道：“总参谋部这次派人下去改组西南都督府，朕会特别调拨50万元作为改组的经费。
另外再从军器监调拨12斤以下的轻便火炮若干，*若干，增强西南都督府新建步兵旅的军事力量。还有，调拨一部分*制作工匠，在重庆设立*工坊研制*，以作为西南都督府日常消耗之用。”
孙承宗对着崇祯点了点头说道：“臣也正打算向陛下申请一些经费，既然陛下已经考虑到了，那么西南之事必然不足为患了。
不过臣还有一事想要向陛下进谏，就算是击败了奢安两家土司，也并不代表西南就会平安无事了。自奢崇明、安邦彦叛乱以来，西南各省都有土司响应，臣以为这不是偶然之事。
而是我大明过去在西南地方的治理上出现了问题，所以这些土人与我汉人矛盾日积月累之下，都在近时爆发了出来。
正如陛下所言，播州土司叛乱之后有奢安之乱，奢安之乱之后又该轮到那家土司叛乱了呢？以朱燮元提出的作战方略，臣以为奢安叛军的时日已经无多了。
但是接下去，朝廷应当如何治理这些投降的叛乱土司，以为后来者戒，方才是重中之重。否则西南叛乱此起彼伏，就算朝廷每次都能镇压下去，恐怕也要耗尽国力了。”
朱由检沉默了下去，他知道孙承宗为什么说这番话。说到底，这位儒家出身的士大夫还是不赞同，他以同样铁血的手段对叛乱土司进行报复。孙承宗还是担心，过度的杀戮会引起西南各家土司的恐慌，从而使得明军在西南地区失去某些原本心向朝廷的土司的支持。
这些土司在当地数百上千年的统治中，早就结成了一张非常庞大的姻亲关系网络。你一刀砍下去，都不知道会砍到谁的父亲、母亲、侄子外甥、叔伯兄弟身上。
更何况汉人居住在平原地区，这些少数民族大多居住在山林之中，也许他们打不过明军的正规部队，但是却能够不断的骚扰汉人的定居点，一旦汉人在当地待不下去了，明军也就失去了可靠的兵源和物资来源。
如果是王朝的强盛时期，凭借着中原王朝源源不绝的物资生产能力，同这些少数民族僵持上数十年，也能生生把他们耗死。但是对于现在的大明来说，恐怕先倒下的反而是大明王朝自己。
朱由检想了许久，终于下了一个一直犹豫不决的决定，他抬头对着孙承宗说道：“朕以为，就趁着这个机会，对于贵州、四川、云南三地实施全面的义务兵役制，凡是每个年满18岁的健康男性青年都必须进入军队服役5年。
此外，以上三地要建立村、乡、县三级民兵组织，这些民兵组织同样要接受都督府的管制，每位民兵一年要接受15天的脱产训练，接受简单的军事教育。并准许他们持有火枪作为平日的狩猎工具，但是*和子弹要自备…”