虽然刘宗周暂时沉默了，但是朱由检并不认为自己已经说服了其他官员。他很快就接着说道：“关于行政方面的事务，由内阁负主要责任，这个方向是不会改变的。
不过对于涉及到国家大政方针上面的决策，朕以为刘先生说的也有道理，我们需要考虑更多人的意见，才能决定出一个更好的政策。
以朕看，我们可以把国是会议固定下来，每隔5天召开一次，以讨论重要事务。如果国是会议上依然决定不了，再召开朝会，付于公论，诸位以为如何？”
张瑞图有些急迫的出声支持道：“陛下考虑的已经非常周详了，臣附议。”
黄立极这才慢腾腾的说道：“臣也赞成陛下的提议。”
余下的内阁成员和六部九卿的大多数官员，也纷纷出言支持了皇帝的想法。
韩爌看到会上形势一边倒之后，*在了刘宗周之前，先表明了自己支持皇帝的态度，剩下的东林党人自然也就跟上了。刘宗周叹了口气，终于不再说什么了。
薛贞坐在文华殿西面的配殿，集义殿的一间值房内，他正想着会议上会对自己做出什么样的决定。
在他看来，他完全是按照皇帝的要求办的案子，想来皇帝应该不会任由那些官员攻击自己。但是对于最近突然冒出来攻击自己的舆论，又让他心里颇为不安。
房间的门发出了“吱呀”一声，把薛贞惊醒了过来。他抬头看去，发觉走进房间的是皇帝身边的亲信太监王承恩，他立刻站了起来。
“王公公，可是陛下有事要对我交代。”
王承恩让陪同的内阁属员离开后，才走到薛贞面前坐下说道：“薛尚书你也坐下说话吧，陛下让杂家过来，是想就两件事征求薛尚书的意见。”
薛贞缓缓坐了下来，颇有些失望的说道：“王公公请说，下官洗耳恭听。”
“陛下希望薛尚书能够接受国是会议的决定，调任南京兵部尚书一职。”
薛贞的脸色顿时难看了起来，南京六部虽然地位上同北京六部相等，但是南京六部一向被视为，政治斗争中的失利官员、年老官员退休养老的地方。
薛贞虽然已经快到退休的年纪了，但是他做官的心思并没有淡去，他觉得自己身体健朗还能再干上几年。但是皇帝的要求，顿时打破了他的想法。
王承恩看着脸色难看的薛贞，顿时笑了笑说道：“薛尚书不必如此，陛下希望你这次去南京接任兵部尚书之后，对南方各地的卫所进行调整改制。
陛下希望，在三年之内可以把江浙、南直隶、江西、两湖地方的卫所，按照营州卫所的模式重新梳理一遍。把以上地区的军队人数裁减到15万人以下。”
薛贞的脸色稍稍好看了一些，不过他有些怀疑的问道：“可是王公公，南京六部一向并无实权，就算是下官接任了南京兵部尚书，又有什么权力来实施陛下要求的裁兵计划呢？”
王承恩看着薛贞坦然的说道：“薛尚书难道忘记了吗？现在兵部已经被拆分出来了，除了陛下和总参谋部之外，谁也干涉不了兵部的行事。”
“只有下官一个人，恐怕很难完成这么艰巨的任务吧。陛下大概不清楚，但是王公公不应该不知道啊。
南方各地的卫所早就衰败的不成样子了，卫所的土地基本被士绅勋贵所瓜分了，而军队的粮饷则基本成了勋贵家的进项。
南方不比北方，南方人一向以读书为贵，世代官宦之家的不在少数。且江南士绅之间盘根错节，基本上他们之间都有姻亲关系，可谓牵一发而动全身。
陛下真要让我单枪匹马去对付他们？”薛贞看着房间内只有两人，干脆直言不讳的对着王承恩说出了自己的担忧。
王承恩平静的说道：“当然不会让薛尚书你单独去做这件事，薛尚书调任南京之后，先设置南京陆军军官学校和南京参谋部，很快我们会从北京调集人手过去。
事实上卫所改制和裁减军队的事情，都将会由南京参谋部出面。而薛尚书所要负责的，就是毫无保留的支持他们而已…”
王承恩在同薛贞谈话的时候，袁可立、苏茂相两人也被紧急召到了文华殿。
在文华殿的后殿内，朱由检一起召见了两人。黄立极及其他官员都认为，这场谈话也许会要很久，但是两人进去不到一刻钟，皇帝的决定就已经出来了。
韩爌不由有些好奇的拉住苏茂相问道：“这么会这么快？陛下询问了你们两人什么问题？”
苏茂相脸色有些不自然的回答道：“陛下只问了我们一个相同的问题，如果我们成为刑部尚书之后，对于阳武侯被杀案的判决应该如何处理。”
韩爌转着眼珠想了一会，才询问道：“礼卿是怎么回答的？”
苏茂相颇为不满的说道：“袁礼卿说，既然律法已经做出了判决，陛下又已经审核通过了，那么就应该维持判决。”
看着苏茂相不满的神情，显然他的选择同袁可立相反。韩爌没有再继续问下去，去招惹同僚的不快。
决定了新任刑部尚书的人选之后，朱由检便离开了文华殿，出宫去了燕京大学。
和上次相比，国子监内学生的人数多了不少。一些原本关闭的屋舍也重新进行了修缮，准备开放作为学生的教室。
李之藻陪同崇祯巡视了，刚刚成立没有多久的，文学系、数理系、化学系、地理系四个分部。
巡视的路上，朱由检有些好奇的询问道：“现在各系都有多少学生了？”
侧着身子走在皇帝左侧的李之藻，不假思索的回答道：“总人数已经超过了890人。文学系的学生占据近一半人；数理系人数第二，超过200人；化学系同地理系学生人数最少，各自100余人。”
朱由检略略有些失望，“文学系的学生，还是太多了些。这样吧，以朕的名义设置40份奖学金，每个系各分配10个名额。
此外凡是在自然科学上有所突破的学生，朕将亲自给予授勋，并给予物质奖励。”
李之藻对于皇帝对燕京大学的支持感到非常的高兴，虽然名义上徐光启依然还是燕京大学的校长，但是这所学校及科学院的日常工作，却渐渐转移到了他同王徵手上。
李之藻对于燕京大学的学科设立投入了很多精力，初步完成了各个自然学科的课程安排，还有教材的编订选择。
在国子监内走了一圈之后，朱由检便同李之藻等人返回了教授们办公的地方。
朱由检翻看着桌上的书籍，口中随意的问道：“自然学科这部分，你们打算采用那些书籍作为教材？”
李之藻颇为兴奋的说道：“《几何原本》我们已经翻译出了11卷，还有4卷正在继续翻译，这套书自然是要作为教材的。
《算盘书》、《算术》、《代数学》、《分析术入门》、《九章算法比类大全》、《算法统宗》等都会纳入教材。此外，臣希望陛下能够破格收录程子算，成为燕京大学数学教授。”
朱由检抬头看着李之藻，有些茫然的问道：“程子算是谁？”
“程子算就是程大位的后人，而程大位就是《算法统宗》的作者。《算法统宗》对于珠算及一些实际问题上的算法，非常的出色，程子算向本校献出这套书，臣以为应当给予奖赏。”李之藻为朱由检解释道。
朱由检想了想，便问道：“他的数学程度怎么样？能够担任教授一职吗？”
“绰绰有余。”李之藻赶紧替程子算打了包票。虽然他本人很乐意接受西学，但是当耶稣会的传教士们在科学院占据了大部分位置之后，李之藻便试图吸收大明知识分子的精英，来平衡科学院西人过多的局面了。
朱由检点了点头说道：“只要能通过考核，李卿可以自由聘请，你认为合适的人员成为燕京大学教授。”
李之藻低头感谢之时，朱由检已经转移话题问道：“制定度量衡的工作，现在已经完成的怎么样了？”
李之藻回头招来了王徵，让他对皇帝解说制定度量衡的工作。王徵上前对着崇祯行礼之后，才不慌不忙的说道：“数据基本已经测定完成，大约十天之后就能制作出标准的米尺，然后根据陛下的要求，设定一整套包括长度、体积、质量的公制单位。”
朱由检思考了一会便说道：“标准度量衡量具可以制作数套，分别以不同材质，今后可以观察下在温度、湿度的变化下，哪一种材质做的量具变化的最少。”
“变化？”李之藻、王徵对于皇帝的说法有些迷惑了。
朱由检不得不向两人科普了下热胀冷缩的科学知识，然后他继续说道：“标准度量衡确定之后，首先统一京城之内的各度量衡器具。并以此为标准，确定公制同旧制度量衡，公制同西制单位之间的换算关系。
接下来，我要求各位对中西算学中的单位、公式进行统一，然后再此基础上进行教学和研究数学问题…”