孙承宗的主张，获得徐光启、孙元化、韩爌、钱谦益等人的支持，而原本站在王在晋这边的刘宗周却有些犹豫了，他似乎被孙承宗讲的理由折服了。
这个时候，倪元璐、陆澄源却站出来支持王在晋的主张，他们认为，现在关外有兵8万，再加上各种辅助民夫，几达一十四万之众，一年耗费超过600万两，如果把这笔钱省下一半来安置辽东民众，则孙承宗所谈的就不是问题。
至于所谓的援应插汉部，使东虏不敢全力东向击败蒙古插汉部，解决腹心之患云云，这是孙承宗高估了辽东军的作用。
事实上，就在今年初，后金四大贝勒之一的阿敏率军三万入侵朝鲜，朝鲜王李倧向我大明求援，先帝下诏书令辽东军及皮岛毛文龙部救援朝鲜属国。
但是除了皮岛毛文龙部不顾粮饷短缺，率兵入朝鲜支援朝鲜军，入朝后“三战三捷，困奴于银杏江”，接着在千家庄、瓶山一带与后金主力展开决战，“文龙自率兵出，大战，杀固山一、牛鹿三人，斩两千余级。”重创东虏主力之外。
辽东军9000余人出宁远200里即返，除了乘机修了锦州城之外，丝毫没有对后金造成任何压力。可见孙承宗所言的宁远防线可以牵制后金云云，只是一句虚言。
有倪元璐、陆澄源等人的支持，刘宗周再次坚定了决心，认为关外之地可以放弃，辽东之民可以移居山海关之内，充实山海关一带的防御。
对于倪元璐、陆澄源的指责，孙承宗虽然面红耳赤，但是依旧不愿意放弃自己的主张，最后负气说道：“…如果陛下支持王兵部，那么臣请乞骸骨。”
黄立极、郭允厚等官员，则一直观察着崇祯的表情，他们在这个问题上并没有什么立场，因此干脆选择了以崇祯的意思为准。
看着朝堂上泾渭分明的两派，朱由检一直在默默的思考，等听到孙承宗负气辞职之后后，他终于坐不住了。
朱由检一边出声安抚了这位老臣，一边试探着说道：“首先这个修建三道关西洋铳台，以取代山海关重城的方案大家应该没什么意见了吧？”
对于这个筑城方案，朝中王在晋和孙承宗都表示了默认，而其他官员也没有出声反对。
但是朱由检随即开口说道：“西洋铳台也许不错，但是按照徐卿、孙卿两位的描述，西洋铳台想要发挥作用，就必须装备大炮和火枪。但是我大明火炮铸造无法，其大者不过是神威发熕，灭虏虎蹲，小者即所谓的三眼快枪。
这些火器身管短小，装药不多，放弹也不远，且无照准而难以瞄准命中。铳塘外宽内窄，不圆不净，兼以弹不合口，发弹不迅不直，且无猛力。头重无耳，则转动不活，尾薄体轻，装药太紧，即颠倒炸裂，因此军中士兵皆不乐意使用。
而大明从澳门夷人手中购买的红夷炮，虽然制做的长短中矩，厚薄适宜，命中率高且致远，威力巨大。但是一尊大炮就有千余斤之重，移动不便，且身管太长，装药不便。一发之后，如果没有清理干净炮膛内的残渣，就会引起炸膛，因此发射缓慢。可见红夷炮适合于守城，而不适宜于野战。
我听说天启元年，大明向澳门夷人购买的四千磅火炮，售价是每门一千两，据说还是优惠之后的价格。如果要完全建成如孙卿所言的城池样式的西洋铳台，则大约要配备上30-45门火炮之间，先不说这个澳门夷人有没有这么多火炮可以出售，单单是这些火炮的购买价格，和运输费用，已经抵得上铳台的造价了。
且澳门夷人虽然现在对我大明态度恭顺，但是这军国重器终不能被外夷控制吧？”
刘宗周第一个站出来支持崇祯说道：“陛下所言不错，这奇技淫巧终究只是旁门左道，臣以为，要抗击东虏，终究还是要教民以德。今日军中士兵不知仁义，大军过处，百姓不胜纷扰。而军中将官则不知廉耻，一味克扣军饷，搜刮地方，只图暴敛财物。
…臣以为，不待人而恃器，国威所以愈顿。与其徒耗财力购买红夷炮，不如对军士宣扬圣人经义，激发军士天良，以卫我大明百姓，火器终无益于成败之数。”
孙元化虽然不服气刘宗周的说法，但是这位道德先生所说的军中弊病却是实实在在存在的。作为一名西洋火炮专家，他的专长在于研究器具制造上，这种拿着圣人的教诲在朝堂上争论，却是他的短处。
孙元化满腹的不服气，但是又不能和刘宗周在陛下面前恶言相向，顿时变的面红耳赤了起来。
朱由检提出这些问题可不是为了反对修建西洋铳台，和排斥西学的。
因此他赶紧截住了刘宗周的话头说道：“蕺山先生此言大善，整顿军纪，宣教圣人之言，使得军士知道为何而战，的确很重要。像辽东游击将军李永芳，朝廷责以重任，又有抚顺坚城在手，然而东虏稍一进攻，就投降了。若是大明军中将官尽是此等人，就算西洋铳台修建满关内，东虏一来还不是依旧开城出降吗？
不过刘先生也有些地方过于偏颇了，大明将士知晓礼仪仁义之后，我等难道要让这些忠诚的将士们空着双手去保家卫国吗？如此岂不太让大明的将士们寒心了？
有没有大炮，大明的军士都要保家卫国，这是军人的职责。但是大明的将士拿着什么武器和敌人战斗，这却是朝堂之上衮衮诸公的责任。”
刘宗周虽然觉得朱由检说的不是很有道理，但是在他心中裁撤辽东军队、解决辽饷问题，才是最重要的大事，因此也就不再西洋火器的问题上面纠缠下去了。
至于徐光启、孙元化等人，既然崇祯并没有否定，采用西洋火器变革大明军队的建议，他们自然就更不会和刘宗周辩论下去了。
看着争吵稍稍平息了一些之后，朱由检才继续说道：“朕之所以提出刚刚的问题，只是想说三件事：一、西洋铳台修筑之法，虽然来自泰西，然而是否适合于我大明的使用，还需要进行试验，因此可先在京城左近试修一小台，以验证其利弊，然后再改进技术。
二、西洋铳台修筑之法乃是军国机密，而今后修筑铳台也需要专业的人手，因此朕以为兵部应当另设一军事工程院，专门研究攻城和守城器械、城池修筑方式之技术，兵部职方司主事孙元化可调任军事工程院郎中，负责筹集管理此部门，至于之前众人所推荐的伍继彩、李氏父子、高一志等人均可招录。
三、红夷炮、西洋铳虽是军国利器，但是我大明辖土亿兆，终不能靠买卖火器来维持国防安全。因此孙郎中、徐吏部可以招募人手，试制红夷炮和西洋铳。且西洋火器并非只求制造之术，西人使用火器多年，相必再使用火器之上有独得之妙，徐吏部可通过金尼阁教士，从澳门邀请火器操作军官，研究西洋火器操练之术。”
徐光启、孙元化对于崇祯的任命非常感兴趣，立刻答应了下来。
随后朱由检提到了第二个问题，“辽东兵多但是战力不高，虽然当初朝中指望以辽人守辽土，但是到了今天辽东有兵32营，其中半数以上都是客兵，客兵月饷二两，而主兵月饷一两。他们面对的都是同一个敌人，性命也同样只有一条，要是东虏来犯，是主兵上还是客兵上？这种制度必须要改变，不管是北兵还是南兵，不管是主兵还是客兵，都是我大明的将士，自然也要一视同仁。”
王在晋对于崇祯的这个说法，颇有不同意见，他赶紧辩解道：“主兵是本地人，有耕地可种，所以月饷才会少一些。而客兵都是外地人，他们不能种地，又要养家糊口，所以才会高一些。这主客兵制度，实际上已经考虑到本地和外地士兵的公平了。”
朱由检并不认同王在晋的解释，他强硬的说道：“不管是本地人还是外地人，他们守卫的都是大明的土地，难道敌军攻占了辽东，就不会想要关内？攻下了关内，就不会想要中原？攻下了中原难道就不会想要江南？
我大明每一片土地都是属于全体大明百姓的，没有什么主客之说。与其说客兵是为了保护主兵的土地，不如说正是九边挡住了外地的入侵，他们的家人才能在家乡安居乐业。
就算要照顾客兵的家人，那么就给其家人免税、免役好了，何苦要在军队之中弄个不平等出来？夫子也曾经说过：有国有家者，不患寡而患不均，不患贫而患不安。盖均无贫，和无寡，安无倾。难道不是吗？王兵部。”
对于这种士兵的待遇问题，一众文官基本毫无兴趣。而站在另一边的勋贵们则对辽东军的事毫不关心，因为除了两京之外，文官根本不允许勋贵插手其他地方的军队，特别是战斗力最强的边军。
而王在晋的反对，是因为他是兵部尚书，他只是想要裁撤关外的军队，完成他设想的山海关防线，并无意做改动军制这种吃力不讨好的事。
大明到了现在，任何一种存在的制度，背后都有不少既得利益者。他裁撤辽东军，退守山海关，已经得罪了不少人，因此他并不想为此遭遇更大的阻力。