为了强加统治，大清就对题本制度进行了改革，自张廷玉把奏折制度化以后，稍微重要一点的事务，地方官员都先撰拟奏折，经过皇帝朱批，认可了，才写题本作正式报告，作为奏事的依据。但奏折中的朱批内容，不得写入题本，这样题本就成了官样文章，价值大大降低。
这样其实就等于变相的削掉了内阁票拟的权力，奏折不经内阁直达御前，皇帝批复之后才在内阁那边走一遍流程，内阁成了处理日常事务的衙门。
奏折代替了原来题本的作用，使它成为主要官方文书，这一制度坚持到清末。奏折刚产生时，有资格使用奏折的官员不太多，雍正践祚之后，内苦于宗室诸王的讪谤排挤，外困于满汉大臣的朋党倾轧，急于求言，故放宽了臣民专折具奏的范围和权限。
由于奏折所涉事情多系国家机密，所以奏折的保密性是非常突出的。不能保密，就不要上奏折，保密是书写奏折的前提条件。
正是因为保密为前提，官员们给皇帝上奏折也安心，不用担心被别人知道，然后被别人报复。
朱厚照看重的就是这一点，比如这一次的扬州案，如果有奏折的存在，那么朱厚照相信情况肯定不会崩坏到这个地步。其他的不说，这么多年了，扬州一个正直的官员都没摊上？当然不会，只是他们有心无力罢了！上的题本估计都没到御前，这个人就没了，皇帝看到的东西也是经过漂没的。
一旦有了奏折制度，那么内阁的权力将会得到很大的削弱，内阁权力的削弱代表着内阁首辅大学士权力的削弱。
虽然这看起来是一个衙门，或者是一个人几个人的权力削弱，但是朱厚照知道，这绝不是，一旦削弱了内阁的权力，那就代表着整个文官团体的削弱，代表着皇权统治的加强。大清被称为封建王朝的巅峰，并不是没有道理的，他的很多制度都是非常有利于王朝统治的。
由于奏折免去了中间环节的传递，又采用廷寄方法，不但能迅速递到皇帝手中，而且在皇帝朱批御旨后，又可直接发还上奏官员，马上付诸实行，从而大大提高了行政效率。
由于奏折都是秘密进行，于是在直省督抚与司道之间，地方与中央，内廷与外廷之间，除正常的领导与被领导等关系之外，又形成了一种相互制约的关系。
大臣相互告密，皇帝的耳目遍布京内外，谁也不知道谁向皇帝打了什么小报告，中央部院和地方上的公私事件和人际关系，无论巨细，皇帝都可以从奏折中直接了解到。皇帝于是借助奏折整饬吏治，监察民情，发号施令，排斥异己，天下庶务总归一人处理，从而使封建皇权到了无以复加的地步。
雍正皇帝是朱厚照唯一一个敬佩的清代皇帝，因为他的改革和他制定的制度，在很多方面都是开创性的。
朱佑樘听着儿子将奏折的事情详细的说了一遍，脸上的表情顿时变得很精彩，目光怪异的上下打量儿子，这权术之道，儿子玩的也是炉火纯青，如此手段当真是颇为几分汉高祖的意思，让官员们互相告密，简直就是要了这些官员的命了。
不说其他的，单单是官员之间的倾轧，那会造成多少人来回弹劾？下官觊觎上官的职位，会不会死盯着等着上官犯错？
当然了，换一个角度想，那些正直的官员有了上书的通路，那岂不是很多事情都要好办很多了？遇到什么事情上一份奏折，尽到了为臣子的本分，同时又不会伤害到自己，也不害怕被别人报复，多少人愿意做这样的事情？朱佑樘不敢想象了。
“密折递到哪里？”朱佑樘看着朱厚照，略微迟疑的问道：“这个问题你想过没有？”
如果递到司礼监，那么一旦遇到不喜欢上朝做事的皇帝，司礼监可是有为皇帝批红的权力，密折到了他们手里会是什么后果？这一点朱佑樘想得到，朱厚照不可能想不到，真的将密折递到司礼监，那么就等于削了内阁的权力转而增强了司礼监的权力。
“回父皇，走通政司！”朱厚照想都没想就说道，这个问题他其实早就想好了。
通政司现在的情况非常的惨，九卿里面地位十分的低下，可以说是非常非常难过的衙门，同时通政使沈禄是寿宁侯张鹤龄的人。以后不好说，但是这个人前期是有用的，至少他为了攫取权力不择手段，可是先用起来，要知道密折的反抗力肯定也不小，尤其是几位内阁大学士那边。
“通政司？”朱佑樘苦笑着摇了摇头：“通政司现在向漏勺一样，进入那里的密折还是密折吗？”
“通政司本就是上呈下达，密折走通政司正合适，同时通政司不牵扯到票拟，也不牵扯到批红，对这双方并没有什么影响，同时也不会让司礼监接触到密折，而是由通政司直接呈递到御前，至于保密的问题，儿臣准备在通政司这里密折处，专司各地呈递密折。“朱厚照直接就把自己的构思给说了出来。
上下打量了一番儿子，朱佑樘直接问道：“这件事情你想了好久了吧？”
“回父皇，儿臣离京之前就在想这件事情了，坐在这紫禁城之中，最难得到的就是实情，想知道外面发生了什么，可以说是难上加难，当时儿臣就在想一个办法。一旦有了密折，除了文官，各地的武将也可以上奏折到御前，这也是有利的。”朱厚照也没否认，直接就点头承认了。
看着儿子的脸，朱佑樘笑了，什么有利了，如果放开了各地武将的密折权限，那就等于提升了武将的地位，随之提升的还有勋贵的地位。
虽然大家都看不起勋贵，可是勋贵在军中的地位很高的，尤其是现在还没经历嘉靖朝，南京守备都是成国公，勋贵在军中的势力可以说盘根错节，密折能让他们更少的受到文官的控制，因为他们有反制的手段，可以弹劾文官，这样一来，文官也不敢做的太过分。