工业革命的诞生加快了人类征服自然的步伐，同时也加快了环境破坏。土地沙漠化、空气污染、海洋污染、砍伐森林、湖泊干涸，河流变色。对能源的攥取、对生态的破坏以及不断使用抗生素、制造病毒和细菌的不加节制。终于使我们的星球不堪重负。公元2350年，一声怒吼从地底迸出，危纪元年来了。
这一年最后一口油井枯竭。探索新能源又迫在眉睫，古老的核电技术在安全上受到恶劣环境影响，危机重重。温室效应致使南北极冰川融化，第二个寒武纪在世界蔓延。全球气温从2300年每年都在降低。科学家预测如果再不采取有效措施，不出一百年地球将不适合人类居住。西伯利亚、冰岛，甚至蒙古草原都常年冰雪覆盖。联合国每年都收到无数求助信和投诉。非正常死亡人数每年百分五的上升。全球百分三十的人口无法享受政府供暖，百分之五十人口处在供暖不足边缘。恶劣天气致使常规核电站一次次泄漏。能源危机步步升级。人类在新能源开发上疲乏无力。联合国能源部长或三月或五月就更换，情况却并未好转。
2450年联合国大会表决决议，建立有李再生博士提议的“深源”超级核电站计划。整合现有核电资源，在磁稳源上，建立六座“深源”级核电站。磁稳源分别在蒙古中部、西伯利亚中部、非洲埃及金字塔群、北美美国和加拿大交界处、澳大利亚南部、南美智利中部、马里亚纳海沟。磁稳源是地球上磁场最稳定的地方，它们恶劣天气影响最小。李再生博士将“深源”建在这些地方原因就在此。
但这是一场赌博。人类社会此前遭受工业带来环境污染灾难，此后又遭受百余年冰川时代的破坏已精疲力竭。如果“深源”超级核电站再遭到破坏，根据人类遭受核泄漏等级以及现有医疗救援承受能力计算，哪怕只有一座泄漏，对人类而言都是毁灭性的。这项计划起先遭到联合国绝大多数的反对，但此时的人类已无从选择，要么等死，要么一搏。
然而最不愿意看到的事情常常最容易发生。2650年，当“深源”的建立给人类提供无穷无尽的能源时，一颗小行星正以极快的速度向地球袭来。哈勃望远镜观测到小行星轨迹时，为时已晚，在它的速度面前人类一切手段微不足道。小行星在擦破月球表面后撞向亚欧板块衔接处，直接导致地球板块剧烈运动。原本被科学家称为绝不可能发生异动的磁稳源开始移位。六座“深源”仅剩南美智利和澳大利亚中部两座善能维持最低运转，而其余四座皆尽瘫痪，人类在恐怖的核泄漏和地壳运动中出现了大批死亡，仅不到百分之二十的人口在灾难中生存下来。能源供给轰然断裂，人类危机重重。
灾难才刚刚开始。
小行星的撞击导致地球上空被扬起的灰尘遮蔽。致使阳光无法进入，全球气温在第二次冰川时代后又一次骤降，全球平均气温到了零下四十度。全球百分九十的海洋都处在冰冻期。人类只能依托在仅剩的两座“深源”做着最后的挣扎。
可这还不是全部，灾难接踵而至。稳磁源的移位，致使全球磁场发生变化，指南针不断的转动。混乱的磁场扰乱了人类自身运转次序。原本微不足道的小病，现在成了致命的癌变再加上不断进化的病毒，原本已脆如薄冰人类现在，完全的陷入地狱般的哀嚎中。灾难接踵而至，人类学会了各种生存本能，可是这次磁场混乱从古至今未见过。像是天上忽然砸下巨石，砸的人类猝不及防，第二次人口锐减发生了！尸体像小山般堆积，每一个家庭每月都有人在死亡，直到最后全部人类加起来还现在不到一千万。
更加古怪的事情也同时发生着。如同在混乱磁场中变异的病毒，人类和其他饱受肆虐的物种也在混乱磁场中产生基因突变。这时——人类的基因开始重组，他们迎来了新的转机。人类基因突变赶上了外界环境的变化，生活在海边的潜入海底几千米不用任何器械的帮助，生活在雪原的每小时两百公里的速度在奔跑，生活在高山的一些人能够凌空飞翔，有些人能够隔空取物，有些人思维灵敏。无穷无尽的拥有着各种能力的变异人出现在了已经快要不适合人类生存的地球上，人类迎来了新的转机。正如泰戈尔的诗句所说：
我以为我的精力已竭，旅程已终，前路已绝，储粮已尽，退隐在静默鸿蒙中的时
间已经到来。
但是我发现你的意志在我身上不知有终点。旧的言语刚在舌尖上死去，新的音乐又
从心上迸来；旧辙方迷，新的田野又在面前奇妙地展开。
匪夷所思变异在这星球上的物种间发生着。当经历了如此众多灾难而生存下来的人类发现自身拥有的不可思议的能力时，这个宇宙上最顽强的种族翻开了崭新的一页。
当混乱磁场改变了人类使他们不依靠武器就变得无比强壮时，人们不用在依靠疲乏的深源了。不仅如此，现在人类深知，若还去索取唯一的母星，灾难就会重演。人们必须去探索外太空，开发出其他能够适应人类生存的星球。这事迫在眉睫，如再遇不测，人类灭绝并非空谈。于是在经过探讨后，人类创建了“深蓝”外太空探索部，由当时唯一的自由探险组织会议会长沙卡领导。沙卡是世界上第一个带领团队探索外太空先行者，有着很丰富太空探索经验的，再者联合国把这权利交给谁，其他国家都不同意，最后便决定交给一个自由组织。
灾难使人类变的空前的团结。混乱磁场改变人类基因，他们史无前例的强大。在深蓝的带领下，公元3000年，人类开始了第二次对外殖民，后人称之为“第二次大航海”。
在开拓外太空的起步阶段的路是顺畅的，几乎没遇到什么阻碍。自身强大的体魄便是其中最重要的原因。有些强大的异能者甚至能在真空行走，而不需要任何保护措施。人类害怕这种强大的能力会在走出母星球后消失，于是便兢兢战战，生怕出错。可是这种情况并未发生。不仅如此。只要通过后天的开发，自身的能力还能不断的提升。在真空中行走，在黑暗中预知未来，通过恒星超距离传输信息。。。并且这种能力可以通过基因遗传，但是只要离开母星球能力便不能变异。父母亲是什么能力子孙也只能是什么能力。而在母星球上则完全未知。任何一种可怕的能力都有可能在母星球上变异出来。
因此人类高层十分担心，如果进化出一种足以毁灭世界的能力，而这种能力又不受控制时，那该如何是好。
于是公元3265年，联合国第三百五十套法案《变异禁止法案》诞生了。法案规定：所有的人类和其他物种不得在母星球上产子、怀孕。所有的人类必需搬出地球居住。未经过联合国批准禁止在母星球上做任何生物实验。禁止一切破坏母星球的行为。未经联合国批准不得进入母星球。从此，人类的诞生地“地球”掩盖上了神秘的面纱。只有深蓝和联合国几位位高权重的长老才知道人类的发源地在地球。这个地方的掌握着人类能统治宇宙的秘密。
为了保住这个秘密，公元3533年联合国高层又发动了《天坑》计划，销毁了图书馆中所有关于地球的知识，屏蔽了网络上关于地球所有解释。将地球从人类的大脑上抹除，极尽所能不让人们知道地球的存在，更不能让他们知道地球的秘密。
但第一条《变异禁止法案》有个不可忽视的问题，人类不可能完全的搬出地球。不愿意离开的会想尽办法留在生养他的土地，他们为了反抗深蓝和联合国搬迁部队的逮捕，四处躲藏。终于团结在一起，建立了地球自由革命军。来和深蓝对抗。
与此同时，深蓝在地球磁场变化中发现了一个能使人类变异能力进一步进化的办法。史称：矩阵革命。本故事便发生在矩阵革命的初始阶段——破壳。