天文十四年（1546）年3月30日申时三刻，南军指挥本阵东福寺西北。
武田军的突袭结束后，北军渐渐重整旗鼓，而山名军和河野军也在不久后抵达战场，北军在南军本阵外的兵力约30000人。但与此同时，浅井军和若狭武田军也急匆匆地从西岸赶了回来，和驻扎在东福寺西南的细川军汇合，列阵在细川军前，与本阵内的甲斐武田军互成掎角之势，兵力更是达到了34000人。
当然，战阵之上，双方都是没办法很好判断兵力的。只有控制了制高点的武田晴信，可以居高临下地发现南军的兵力已经占优，并将这一情报通报给了南军诸将。与之相反，北军的武士们对双方军力的此消彼长并不清楚。结果就是，以大友家为首的北军在稍加休整后，依然发动了进攻——目标是在东福寺西驻扎的浅井军和若狭武田军。
然而，这有些「不识时务」的进攻却出乎意料地取得了成果——因为浅井家和若狭武田家他们同样认为「识时务」的人不会选择在此时进攻。在他们的视角里，眼前的北军一路杀到南军本阵，早已经是强弩之末，又被武田晴信反击了一回，士气怕是也不剩多少，哪里还有什么战意？如今看到南军援军抵达，人数也处于了劣势，本阵更是固若金汤，不退兵还等着干什么呢？
可就是南军的大意，给了北军可乘之机。毕竟比起好歹休息了一会儿的北军，南军的浅井军和若狭武田军两部才是真真正正的一路从鸭川西岸跑回的「强弩之末」，还没等喘上一口气，就立刻遭遇了北军的猛攻。浅井军和若狭武田军也从未有善战之名，开战不久后就已经颓势尽显。
若狭武田家还好，和细川家毕竟有着姻亲关系。但浅井家和细川家非亲非故，甚至其靠山朝仓家还和细川家及其姻亲盟友们矛盾重重，那浅井家自然没有与细川家守望相助的念头。草草抵抗几下后，浅井军就收拢部队，向东福寺的方向靠拢，谋求获得关系更密切的武田军的庇护。
而另一边，看着若狭武田军挨揍，细川晴元却是坐不住了，立刻指挥部队压上，打算以多欺少，一举把大友军打回泷尾神社。不过大友军的武士们看到细川晴元的马印后，却一个个打起了鸡血般地猛攻——若是能冲下当世管领的马印，那可是多大的名望？大友义镇的家督之位也将板上钉钉。
有了大友军带头啃骨头，北军其余四部跟着吃肉的觉悟还是有的。无论是刚刚完成整顿的波多野军和游佐军，还是作为生力军抵达战场的山名军和河野军，都跟着杀向了细川军的队列。细川家的武士们在莺歌燕舞的近畿沉迷多年，早已不复当年之勇，仓促间竟然被他们眼中的「西国土包子」们冲得节节败退。
「真是不堪一用……细川家啊细川家，如果就只有这般战斗意志的话，哪怕有再大的基业，离土崩瓦解也要不了多久。」武田晴信哀叹了一声友军的发挥，随后便军配一指，下令武田军从慧日山上杀下，袭击北军的侧翼，为友军缓解压力。
然而，就在武田晴信率军西下之际，电光火石间却忽然意识到了什么。
「毛利军……」他看了眼混在在北军队列里的毛利军的旗帜们，总觉得那排列有些古怪，不像是军队正常列阵作战的样子。
「源四郎，你带一队人在东福寺东埋伏。」武田晴信点出了本来要作为先锋下山的饭富昌景的名字。
「主公？」饭富昌景闻言有些愤懑，「这是何意啊？在下所部乃甲斐精锐，正是舍生忘死之际，为何要坐守后方？」
「留下来，我担心有人想偷袭本阵。」武田晴信认真地答道：「沉住气，不要中计。」
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与此同时，慧日山北的山麓下，毛利军真如武田晴信所料，只是在北军阵内虚设旗帜，主力则
沿着山林暗中绕到慧日山下，准备偷袭南军的本阵。
「武田军动了。」摸到山脚下的吉川元春反身向隐蔽处的毛利元就汇报道：「下山去支援主军了。」
「武田大膳的马印呢？」毛利元就亲身披上了隐蔽在山林里的蓑衣，压低声音问道。
「也出现在下山的路上了。」吉川元春应道：「本阵没有多少旗帜了，是好机会！」
「武田大膳这样的名将，不可能不留足够的兵力守卫本阵，肯定还有埋伏。」毛利元就摇了摇头，挥手向身旁的毛利隆元道：「隆元，带一队人佯攻，试探一下武田大膳的守军。」
「是。」毛利隆元领命而去，不一会儿，就只见一小队打着一文字三星的毛利军从小路翻上慧日山的上头，向东福寺摸去。
「父亲初来这京都时，就特意跑来这东福寺和伏见稻荷大社侦查地形，没想到真的派上了用场。」小早川隆景看着毛利军熟门熟路的动作，不仅对毛利元就的先见之明大为叹服。
「南军从南来，这里是就是最好的列阵之地。南军阵中，名将如云，怎么会看不出呢？我们自然要早做准备。比起什么斩将夺旗，攻下本阵才是发扬武威最好的时刻。」
毛利元就嘴上轻声念叨着这些，目光却一刻都没有从毛利隆元所部身上离开。随着他们逐步爬上慧日山山顶，背影已经看不清切，只能根据他们的旗帜判断——部队目前正有条不紊地进攻东福寺，没有遭遇什么袭击和抵抗。
「伏兵不动？」毛利元就顿感形式有些棘手了，而另一边——正在下山的武田军在发现本阵遇袭后，似乎也毫无关心，而是继续大张旗鼓的下山，显得对本阵的防御信心十足。
「侦察，派人往东福寺两边的山地里侦察，找出武田军的伏兵。先干掉伏兵，再去打本阵。」毛利元就一边示意本部的主力上山援护，一边安排小早川隆景带着一小队骑兵前去探路。不久后，就看到东福寺以东的山地里那面急速挥舞的毛利家的旗帜——发现了武田军的伏兵。如果毛利军没有侦察而是直接总攻东福寺，就将被绕出的伏兵的一个侧击所瓦解。
毛利元就于是立刻派出吉川元春带领本部精锐，直驱东福寺以东，和埋伏在此的饭富昌景所部激战。另一方面，自己率领毛利军本队压上山头，对东福寺展开了攻击。伏兵被牵制住了，东福寺内本身的兵力在应付毛利军的抢攻上也有些捉襟见肘了。
「说到底，我们只是小角色。」毛利隆元一边在一线指挥部下翻过寺墙，一边暗自愤愤地道：「像武田大膳那样名震东国的豪杰，恐怕都不愿正眼看一下我们这些小角色吧。他可能觉得，我们毛利家根本没胆子做出奇袭本阵的动作，也没能耐快速穿越慧日山复杂的北山山麓。留一队伏兵，已经是抬举我们，过度谨慎了吧。」
可就在他思索这些的时候，余光里突然看到他父亲的马印正在示警。他愣了一下，环顾四周，却也没看到新的武田家的旗帜。可隐约间，却又大量的马蹄声和脚步声从西边传来。乱阵之中的他分不清局势，凭着对父亲的绝对信任，愣是把已经攻入东福寺的部队一股脑全撤了出来，开始向北麓撤退。撤到一半他才发现，慧日山西麓腾起了浩大的烟尘！武田军的旗帜还在下山，可分明却又一队大军正在往山上跑！
武田军做出了和毛利军一样虚设旌旗的动作！佯装下山参战，实则把主力调回了本阵，要一举扑灭来袭的毛利军。
「没有道理啊。」毛利元就一边利用自己熟悉慧日山地理的优势排兵布阵，让毛利军的部队节节阻击，互相掩护着撤下山，一边神色凝重地看着越来越多的涌现在山顶的武田军：
「留伏兵可以理解，派人支援也可以理解，但绝对没有必要来这么多人——估计都有
5000多了吧？明明2000人就可以挡住我们进攻本阵，这又是何必？山下的大战才是真正重要的主战场吧。他分出这么多人来守卫本阵，我们北军在某种意义上还赚了啊……只用我们毛利军一部，就牵扯了武田军大半主力。目的已经达到，虽然没办法立下大功，撤退！」
然而出乎毛利元就意料的是，武田军并没有在驱逐毛利军后就掉头回去支援主战场，反而是从四面八方向北麓下山的山路强袭，一副要在这里彻底歼灭毛利军的动向。而武田晴信的马印也重新被在东福寺北的山顶上高高立起，居高临下地亲自指挥这场针对毛利军的包抄围攻。在马印下，甚至能看到挥舞着采配的武田晴信本人的身影。
「这是何意……」毛利元就此刻已经是冷汗直流，上一次感到这样窘迫还是在月山富田城下撤退的时候。如果他接下来的指挥出现一点失误，很有可能就会被武田军全灭在此：「我们和武田家无冤无仇，明明真正关键的战场是慧日山西数万人的对决。为什么武田大膳不去支援主战场，反而要来猛攻我们这一支无足轻重的小豪族？」