尚可喜、靖南王世子耿精忠合兵救援耿继茂，发现耿继茂身边死者均为一枪击中头部毙命，显然对耿继茂手下留情了。询问得知当时近前并无敌军，建章营真是神鬼莫测！
张煌言部在敌人后方开展农村游击武装建设，尝试建立堡垒村、户，转运人员物资，收集传递情报。厦门新区派来骨干人员，在山区、水网岛屿地区建立政府，锄奸剿匪办教育修水利，摸索改造农村的路子。
各路救援新会的清军战战兢兢到九月底才赶到，二师已经神不知鬼不觉地沿潭江顺流而下登陆川山群岛，与舰队汇合后立即向雷州半岛进发，林凤舰队载一师两个团同时向琼州出击。二师横扫空虚的雷州半岛，与林凤部会师海南岛，岛上反清力量和黎族武装引导大军将清军分割包围。面对绝对优势的新军，两千守军被迫投降，几乎兵不血刃光复海南全境。川山群岛十几万民众转移完毕，船队赶来转运雷州半岛百姓。修整扩建海安千户所为要塞，作为陆上前进基地，移民数万至琼州。
李栖凤得知雷州半岛、琼州丢失，急忙调清军回头救援，途中连续遭到张煌言、林凤各部伏击，损失上千人马，加上建章营、游击队不停骚扰，士气低落畏战不前。大局已定为避免正面消耗战。张煌言致信清雷州总兵，新军主动撤出雷州府，清军龟缩在雷州府与新军默契休战。
郑成功乘胜挥军西进将西线之敌逐出福建，战线推进到广东境内，双方在韩江两岸对峙，福建形势稳定下来渡过难关。
虽然耿继茂受伤并不致命，但终究一病不起。卖主求荣血债累累却被放过，骄横一时的靖南王羞愧忧惧而亡。临终嘱咐世子耿精忠不可与桂王作对，为子孙留条后路。耿精忠袭靖南王位，对尚可喜全身而退由怀疑变为愤懑，暗中派人与桂王联系示好。自此尚可喜、耿精忠、李栖凤三方互相猜忌暗斗，谁也不愿意出头挑战桂王新军去触霉头，看似简单的离间计开始发酵了。
张煌言、林凤请命欲直取南越红河口，参谋部严令林凤就地修整，请二位将军返回金门议事。短时间内扩大如此广大的势力范围，有些疲于应付，精神压力大，远儿身体也吃不消了。瞿、周领导的内阁做到了几乎不可想象的成就，而且日趋成熟，真是天赐良臣亮辅，远儿依旧专心指导科技研究，闲来读书习武调养身体。
科技理论发展需要长时间积累，桂王决定先从实验入手，尽快解决实际问题。各类仪器已有了一定基础了，科学院分出专门的力量测定各类物质的物理特性，诸如水、酒精等的蒸发压力、相变潜热等基础数据，陆续发现分离出锰铬镍铝镁钛钨，对矿石、冶金产品的磷硫硅碳含量也能做简单的定量分析。
桂王想起设计行业曾有句话“老毛子靠理论计算，米国靠试验。”理论不行就多做实验吧。
材料检验进展不错，发明出简单实用的各种检测仪器。宋士意、白瑞德陪桂王来到这里，油压机在电动活塞泵驱动下可以达到二三百个大气压力，合金钢球在金属板上压出凹痕，用来检测硬度，另一台机器在测定水泥试块的破碎极限。另一个房间在做材料破坏试验，将大摆锤提升到指定高度，放开后落下将底部固定的钢板切断，摆锤上升到最高点带动指针，实验人员通过计算可以测定被测材料的性能，还有拉伸试验等白瑞德十分兴奋地告诉桂王，有了这些数据建筑设计可以有极大进步。桂王期望白瑞德尽快完成金厦几座钢桥建设，总结经验设计出更大更好的桥梁，更重要的是带出几个好学生。远儿提醒建立风洞研究空气动力，建筑也可以做好模型试验抗风能力。
炸药生产和发射药技术参数已经解决，但事故具体原因没确定。爆炸事故的教训惨痛，安排做两个类似避雷接地的地极，车间里用镀锌扁铁连成环状，设备、管道均连接到扁铁上，防止静电。电灯电线管严格密封防爆。没有数据就按记忆中的先做，科学院增加静电和防爆电气研究。远儿有些自责，早点想到的话事故应该可以避免。
由于检测手段增加，风机送风技术改进，钢材和其他金属冶炼杂质控制有长足进步，考虑到产量、造价和先前的教训，优质钢材只用于舰炮、70mm步兵炮、迫击炮和少量枪支，其他用于造船等工业。舰炮装药也减少，控制射程在5km左右。大量生产膛压低、廉价的滑膛枪、双筒猎枪，子弹壳可以重复使用，紧急时也可以使用黑火药，装备费用低战场适应力强，总之目前够用就行。
远儿亲自指导的枪支初速度测定效果不错，将子弹射入摆锤，根据摆锤上升高度通过动能计算测定子弹速度，可以方便地计算修正枪支设计和装药量。
高价收购的南美三叶橡胶树种子10万粒和五千树苗在东南亚海南种植，科学院也育苗研究橡胶树。同时引进世界各地各类植物，并推广南越与日本杂交水稻、美洲棉花等种植，在海南引入多种热带植物。
经过几代改进，采用新型仪表控制的蒸汽机因其简单造价低廉而大行其道，在工厂基本替代了水力风力作为动力。远儿经常到金门机械厂和蒸汽机厂指导，大家反映由于活塞与气缸摩擦阻力大、精度要求高，效率低而且故障多。远儿组织工程师采用活塞环，并增加了润滑系统，使效率大幅提升，造价降低。有了基础动力压缩空气气动控制，液压控制系统随之应用。随着应用增多民间发明改进一点点多起来，总算有了工业化的模样。
金厦、台湾、海南岛、东南亚相加已经达到二百多万人口，但是明显地广人稀。水师和陆军总计三万余人，兵力更显不足，守备脆弱，东南亚主要依靠兰芳公司、吕宋公司自建保安队守卫。几次作战暴露了新军强大火力，新区工商业利润巨大，加上台湾、海南岛成为属地，桂王系已经成为不容小觑的政治力量。瞿昌文隐隐感到危险迫近，召集内阁筹划方针大计。
厦门新区只保留民用工厂，冶金厂只生产生铁、粗钢和铜锡铅锰等初级产品，优质钢、金属精炼在金门生产，军工厂包括电机、电子原件、锅炉等工厂拆分向台湾、海南岛转移。组织设立长期移民机制，大量向辖区移民。设第一战区林诚兼司令辖舰队和第一军驻台湾，设第二战区司令张煌言辖舰队和第二军驻海南岛，设第一战区司令林凤辖舰队和第三军驻雅加达，成立长崎独立师，金瓯角独立师。
杭州人戴笠字曼公不肯剃发易服东渡居长崎归隐号性易法师，医术高超在日本德高望重。经海上六君子王忠孝、沈佺期去信相邀，愿意入仕助王业，任命为长崎总督。郑成功弟田川左七卫门为副手，治理长崎。
内阁要求各地快速扩军稳定地方，军队参加屯垦、建设，立足就地解决粮草军需，尽快渡过难关。
瞿昌文接见澳葡总督布加路，令其回国建立邦交，同意修好通商，但不得在我辖区内建立政权、武装。为表示对当年帮助永历皇帝的感谢，赠送两台蒸汽机和新区工业品。同时派出使节出访印度洋、海湾、非洲、欧洲各国，建立贸易联系。选择帮助葡萄牙、西班牙、荷兰三国发展贸易和工业，制衡新兴起的英法德等科技强国，争取迟滞它们向海外扩张的速度。
眼前面临的困难是巨大的，考验着东林党为首的新学一派的能力和胆识。在张英的筹划下，利用报纸刊物、书院、各地东林组织大力宣传新学，以金厦种种新事物、新奇迹神化桂王，鼓吹潜龙入海为大明中兴的吉兆，天命所归四海归心。
远儿觉得神化皇子与科学精神相悖，却未能说服内阁。当下神化皇权的效果确实比规规矩矩地普及科学和先进思想来的实际。连科学院里的西洋学者也纷纷写文章赞颂神化桂王，而且乐此不疲！桂王也是哭笑不得。
广东敌后建立游击区效力日渐显现，在内地也开始建立东林党基层组织向广大农村渗透。由于远离主力没有支援，内地的组织更加隐秘，游击武装多以绿林、乡勇名义活动。为打击助纣为虐的恶霸、汉奸，远儿建议成立武工队、锄奸团，并命名为锦衣卫，以纪念锦衣卫名将定西侯张名振。